Wojciech Balczun złożył z dniem 28 stycznia 2013 roku rezygnację z funkcji prezesa zarządu PKP CARGO na ręce przewodniczącego Rady Nadzorczej Spółki Jakuba Karnowskiego, prezesa PKP SA – poinformowali obaj prezesi na wspólnej konferencji prasowej. Obowiązki prezesa pełni Marek Zaleśny, Członek Zarzadu ds. Handlowych.
W latach 2005–2007 Balczun był przewodniczącym Rady Nadzorczej PKP S.A. W 2006 pełnił funkcję mediatora w sporze zbiorowym na tle postulatów płacowych w PKP Cargo S.A. Od 28 stycznia 2008 prezes zarządu PKP Cargo S.A. W kwietniu 2012 został przewodniczącym rady nadzorczej Polskich Linii Lotniczych "LOT". Pełni funkcję wiceprezydenta Pracodawców RP, największej organizacji pracodawców w Polsce oraz wiceprezydenta Europejskiej Organizacji Pracodawców Sektora Publicznego (CEEP).
Wojciech Balczun kierował PKP Cargo przez pięć lat skutecznie restrukturyzując spółkę i przygotowując do debiutu na warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych, co ma nastąpić w czwartym kwartale 2013 roku. PKP Cargo ma za sobą udaną restrukturyzację: W ramach tego procesu Spółka zmniejszyła liczbę zakładów z 42 do 10, zatrudnienie w Grupie PKP CARGO Logistics zmniejszyło się z ok. 45 tys. osób do niespełna 25 tys. zatrudnionych obecnie, Spółka rozpoczęła działalność na nowych rynkach w Polsce i zagranicą. Dzięki tym zmianom PKP CARGO stało się jednym z najbardziej efektywnych przewoźników kolejowych w Europie . W 2012 roku zysk netto spółki wyniósł 295,9 mln zł wobec 497,5 mln zł straty
- Chciałbym podziękować prezesowi Balczunowi za jego wysiłek włożony w restrukturyzację Cargo. Efekt jest taki, że obecnie jest to najlepsza spółka z Grupy PKP, czego najdobitniejszym dowodem jest to, że to właśnie ona zadebiutuje na GPW pod koniec tego roku. Dziękując raz jeszcze, chciałbym poinformować, że trwa już procedura wyboru nowego prezesa, trwają już rozmowy z potencjalnymi kandydatami – powiedział podczas konferencji prezes Jakub Karnowski - Kierowanie PKP CARGO było dla mnie dotychczas największym wyzwaniem menedżerskim, ale także olbrzymią przyjemnością. Moja pięcioletnia praca w PKP CARGO jest dowodem na to, że firmę której wieszczono rychły upadek można było zrestrukturyzować i stworzyć z niej stabilne, generujące wysokie zyski przedsiębiorstwo – powiedział Wojciech Balczun - Bardzo dziękuję załodze i naszym partnerom społecznym, że wspólnie mogliśmy wzmocnić fundamenty spółki i doprowadzić ją do perspektywy sukcesu debiutu giełdowego – dodał.
(źr. PKP Cargo SA)